公司私自改绩效扣工资的处理，可能受以下特殊情况影响，需区别对待。
1. 公司已通过民主程序修改绩效制度：若公司修改绩效前经职工代表大会或全体职工讨论、与工会或职工代表协商确定，且已公示或告知您，此时绩效修改可能合法。例如，公司将绩效制度提交职工大会讨论通过，并在公司内网公示，您未提出异议，后续公司按新绩效扣工资可能不构成违法，您的维权请求可能不被支持。
2. 您与公司签订了绩效变更协议：若您书面同意公司修改后的绩效规则，即使原合同有约定，也可能视为双方对绩效的变更。例如，您在公司提供的《绩效调整确认书》上签字，后续公司按新绩效扣工资，您再主张“私自改绩效”可能不成立，需按协议履行。
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关于公司私自改绩效扣工资的法律依据，可从《劳动合同法》和《劳动争议调解仲裁法》中找到支撑。
根据《中华人民共和国劳动合同法》（2012年修正）第三十条规定：“用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。”公司私自修改绩效扣工资，违反了“按约定足额支付劳动报酬”的义务，您有权要求公司补足工资。同时，《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第六条规定：“发生劳动争议，当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。与争议事项有关的证据属于用人单位掌握管理的，用人单位应当提供；用人单位不提供的，应当承担不利后果。”若公司主张绩效修改合法，需提供经民主程序制定的绩效制度、您知晓新制度的证据等，否则需承担不利后果。综上，您可依据上述法律要求公司返还被扣工资并赔偿损失。
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公司私自改绩效扣工资可能存在以下法律风险，需您警惕。
1. 诉讼时效风险：劳动争议申请仲裁的时效为1年，从您知道或应当知道工资被克扣之日起计算。例如，您2023年5月发现公司因私自改绩效扣了4月工资，若2024年6月才申请仲裁，已超过时效，仲裁委可能驳回您的请求，无法追回被扣工资。
2. 证据链断裂风险：若您未留存原绩效制度、工资条等关键证据，公司又拒绝提供相关材料，可能导致无法证明“私自改绩效”的事实。例如，您仅能口头说公司改了绩效，但拿不出原绩效文件和扣工资的流水，仲裁委可能不支持您的主张。
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针对劳动争议中公司私自改绩效扣工资的情况，您可通过劳动仲裁主张赔偿。
公司私自改绩效扣工资属违法行为，您有权要求公司返还被扣工资并赔偿损失。

1. 若公司未与您协商一致、也无合法制度依据就私自修改绩效规则扣工资：您可主张公司违反劳动合同约定，要求补足工资差额并支付经济补偿。
2. 若公司虽修改绩效但未书面告知您、也未公示新规则：您可主张绩效修改对您不生效，要求按原标准支付工资。
3. 若公司以“绩效不达标”为由扣工资但无法提供有效考核证据：您可主张公司扣工资无事实依据，要求全额返还被扣金额。

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