您对政府部门提起诉讼的程序选择，需以《行政诉讼法》为核心法律依据。以下结合具体法条为您分析：根据《中华人民共和国行政诉讼法》（2017修正）第二条规定：“公民、法人或者其他组织认为行政机关和行政机关工作人员的行政行为侵犯其合法权益，有权依照本法向人民法院提起诉讼。前款所称行政行为，包括法律、法规、规章授权的组织作出的行政行为。”若您因政府部门的行政行为（如行政处罚、行政许可等）权益受损，该行为属于行政诉讼的受案范围，应提起行政诉讼；若政府部门以民事主体身份与您发生纠纷（如合同违约），则不适用该条，需按民事诉讼处理。因此，判断是否为行政行为是选择诉讼类型的关键，而该条明确了行政诉讼的适用前提是行政行为侵犯合法权益。
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对政府部门提起诉讼的处理，可能受以下特殊情况影响：1.行政行为涉及国家秘密：若政府部门的行政行为涉及国家秘密，法院可能不公开审理案件，且您在证据收集时需遵守保密规定，无法随意获取或披露相关证据，这会增加举证难度，影响诉讼进程。2.政府部门作为民事主体的特殊身份：若政府部门在民事纠纷中（如采购合同违约），其财产可能涉及财政资金，执行判决时需遵循财政相关规定，可能导致执行周期延长或执行难度增加，影响您权益的实现。3.行政行为经上级部门批准：若政府部门的行政行为是经上级部门批准作出的，起诉时可能需将上级部门列为共同被告，增加诉讼主体的复杂性，需更专业的法律分析来确定被告资格。
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对政府部门提起诉讼可能存在以下法律风险：1.诉讼时效风险：例如您在收到政府部门的行政处罚决定书后，未在6个月内提起行政诉讼，超过时效后再起诉，法院将驳回您的起诉，您将失去通过司法途径撤销处罚的机会。2.证据链断裂风险：若您因政府部门的行政许可拒绝行为提起诉讼，但未保留该部门出具的拒绝通知书或相关沟通记录，无法证明行政行为存在，将导致诉讼失败，无法维护自身权益。
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您询问对政府部门提起诉讼应选民事诉讼还是行政诉讼，这一问题的核心是区分争议的法律关系性质。以下为您分析不同情况的处理方式：对政府部门提起诉讼通常应选择行政诉讼。1.若争议源于政府部门的行政行为（如行政处罚、行政许可、行政强制等），则需提起行政诉讼。例如政府部门对您作出罚款决定、拒绝您的许可申请，或强制拆除您的房屋等，这些均属于行政行为范畴，应通过行政诉讼解决。2.若争议源于政府部门作为平等民事主体的行为（如政府部门与您签订采购合同后违约、租用您的房屋未支付租金等），则需提起民事诉讼。此时政府部门并非行使行政职权，而是作为普通民事主体参与民事活动，纠纷适用民事诉讼程序。

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