养殖合作社拆迁补偿的法律依据主要来自《土地管理法》等相关规定，以下结合具体条款分析。
根据《中华人民共和国土地管理法》第四十八条规定：“征收土地应当给予公平、合理的补偿，保障被征地农民原有生活水平不降低、长远生计有保障。征收农用地以外的其他土地、地上附着物和青苗等的补偿标准，由省、自治区、直辖市制定。”养殖合作社作为合法经营主体，其地上养殖设施属于“地上附着物”，停产停业损失属于合理补偿范围；若合作社手续齐全，符合该条款“公平合理补偿”的要求，有权获得相应补偿；若存在违建，则不符合合法附着物的认定标准，难以依据该条款主张全额补偿。
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养殖合作社拆迁过程中，部分行为可能导致权益受损，以下是常见的错误操作。
1. 拒绝签收拆迁文件：很多合作社认为“不签字就不会被拆”，但拆迁通知、补偿方案等文件的签收与否不影响拆迁程序推进，反而会错过申请复议或诉讼的期限；
2. 擅自拆除设施或转移养殖物：未与拆迁方确认补偿范围前自行拆除，可能导致设施损失无法举证，转移养殖物时未留存数量、价值证据，也会影响损失认定；
3. 盲目签订空白补偿协议：部分拆迁方会以“先签字后补内容”诱导合作社，空白协议签订后拆迁方可能篡改补偿金额，导致实际补偿远低于预期。
若您已出现上述错误操作，建议及时咨询律师，采取补救措施减少损失。
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养殖合作社拆迁补偿存在特殊情况，会影响最终的补偿结果，以下是常见情形。
1. 政府公益项目拆迁的特殊补偿政策：若拆迁属于防洪、扶贫搬迁等公益项目，部分地区会出台专项补偿标准，可能对养殖合作社的停产停业损失给予额外补贴，或提供安置用地重建合作社，这种情况下补偿方式更灵活；
2. 合作社为租赁土地经营的例外：若合作社是租赁村里的土地，且合同未约定拆迁补偿归属，土地补偿费归村集体，合作社仅能主张地上附着物和停产停业损失，无法获得土地相关补偿；若合同约定“拆迁补偿归村集体”，则合作社可能仅获得少量设施补偿；
3. 环保禁养区拆迁的特殊处理：若合作社位于已划定的环保禁养区，且是在禁养政策出台后建设的，可能被认定为违建，仅能获得设施残值补偿，无法主张停产停业损失。
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关于养殖合作社被拆迁是否有补偿的问题，需结合合同约定、合作社合法性及拆迁政策综合判断。
养殖合作社被拆迁通常有补偿，但具体补偿情况需根据不同情形确定：
1. 若养殖合作社手续合法（具备土地使用证、养殖许可证等），且因公共利益拆迁，可按法律规定获得设施补偿、停产停业损失等；
2. 若养殖合作社存在违建情形（未批先建、超出审批范围），可能仅获得部分可回收设施补偿或无补偿；
3. 若合作社与村里签订的养殖合同明确约定拆迁补偿条款，需优先按合同执行。

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